第1集：在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后，举办了男女配对的试胆大会，并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了，E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。

第2集：因为全国的鸡蛋供大于求无法出货，茅野提出了布丁暗杀计划、同时可兼顾解决大量鸡蛋被废弃的问题。E班的同学合力制作了超大补丁实施了计划。乌间老师对E班学生进行了山中跑酷暗杀版警察抓小偷的训练，学生们使用各种方法逃脱乌间老师和杀老师的抓捕。除此之外，新闻中出现的内衣小偷事件也令人担忧。

第3集：被学生怀疑是内衣小偷的杀老师为了证明自己的亲白，亲自去抓捕真正的小偷，并因此和堀部糸成展开了战斗。最终战败的堀部糸成被无情抛弃，并持续暴走。在3年E班同学的鼓励下，堀部糸成道出了自己的过去、解开了心结、磨去了触手、真正融入了班级。

第4集：堀部糸成利用自己的特长，想到了操纵遥控玩具车袭击杀老师要害的暗杀计划，并背着女生和班里的男生展开了神秘的计划。因为木村对自己的本命很是介意，E班的每个同学开始互起奇怪的称号。

第5集：E班的委员长矶贝悠马为了维持家人的生计，违反校规在餐厅打工，不幸被A班的五英杰发现。A班班长浅野学秀提出了在体育节和E班竞赛、如果E班取得胜利则守住秘密的条件，E班同学竭尽全力和理念截然不同的A班比拼。

第6集：在期中考试前的2周，对于自身暗杀技术过于自信的E班学生，不行弄伤了幼稚园年迈的园长。自此，学生们放下期中考试的准备，代替园长管理幼儿园，将幼儿园修缮得耳目一新、并取得了孩子们的喜爱。

第7集：伊莉娜老师的生日到了，E班的学生们买了花束，想尽办法让伊莉娜老师所喜欢的乌间老师送花作为礼物，不料却被伊莉娜老师识破。至此之后，伊莉娜再没有出现在学校，令E班的同学很是担忧。此时，自称“死神”的杀手出现，学生们前往解救伊莉娜老师。

第8集：对于自称“死神”的杀手，E班的同学毫无办法。此时，乌间老师和杀老师赶到。乌间和“死神”展开了一对一对决，解救了E班的同学。

第9集：到了临近毕业商讨今后出路的时候了，E班的同学大多有了打算，但潮田渚却始终不知道自己适合做什么。此时，渚的母亲却强迫潮田渚按照她的想法去走今后的路，在杀老师的帮助下，潮田渚反抗了母亲，让母亲意识到孩子的想法也是重要的。

第10集：学校的学园祭到了，为了比拼销售额，A班的同学拉拢了赞助商举办了豪华的活动，E班的同学则自给自足、利用地处山林的自然环境、靠新鲜的食材吸引了顾客。

第11集：期末考试要到了，因为理念和父亲不同，A班的班长浅野学秀放下面子请求E班的同学在期末考试中赢得胜利，E班的同学接受了这个请求。

第12集：E班和A班的期末考试对决终于到了最后的时刻，特别是难度超大的数学测试，最后一题尤为不易，是属于浅野学秀和赤羽业之间的对决。在互相和难题搏斗的过程中，赤羽业想到了曾经在E班的经历，顺利解答了问题。随着E班在期末考中的大胜，浅野学峰再次对E班进行了刁难。

第13集：期末考试后，浅野学峰以解雇胁迫杀老师参与不公正的比试，杀老师成功赢得了胜利、证明了自己的教育理念。三年E班决定在话剧发表会上演出《桃太郎》。